9 вересня 1944 року між Польським комітетом національного визволення та урядом Української Радянської Соціалістичної Республіки було підписано угоду про обмін людьми. Згідно з ним українське населення мало залишити Польщу, а поляки – радянську Україну. До акції переселення влада включила також греко-католицьке духовенство, вбачаючи в цьому, з одного боку, можливість ліквідації цього обряду, а з іншого – фактор, що прискорить відхід українського населення з Польщі. Проте наголосимо, що дії в цій сфері були здійснені польською стороною після того, як радянська влада розпочала ліквідацію цього обряду в СРСР. 8–10 березня 1946 року у Львові відбулося засідання синоду Греко-католицької церкви, на якому було прийнято постанову про перехід на православ’я. Треба додати, що синод був неканонічним, а тому й незаконним, оскільки жоден із греко-католицьких єпископів не брав у ньому участі. Більшість священників були перевезені до Львова під конвоєм силовиків і до останнього не знали, в чому будуть брати участь. Священники та вірні не змирилися з ліквідацією своєї Церкви; вони пішли в підпілля. На відміну від радянської сторони, у Польщі не зроблено жодних зусиль, щоб ліквідації Греко-католицької церкви надати юридичні форми. Влада вважала, що переміщення духовенства й населення автоматично призведе до вирішення цієї проблеми. 26 червня 1946 року був заарештований єпископ Йосафат Коциловський, а потім його суфраган єпископ Григорій Лакота. Обоє були передані радянській владі й ув’язнені в таборах, де невдовзі померли від фізичних та душевних катувань. Дослідники припускають, що у 1944–1946 роках було вбито щонайменше 23 греко-католицькі священники і близько 300 переміщено. В цьому періоді були закриті майже всі чоловічі й жіночі релігійні будинки, а також релігійні установи та організації. За словами Ігоря Галагіди, навесні 1947 року у Польщі було ще близько 120 єпархіальних священників і близько 10 монахів.
У квітні 1947 року комуністична влада розпочала чергову акцію переміщення українського населення в Польщі. Цього разу його депортовано на західні та північні території Польщі в рамках операції «Вісла». В результаті там було заселено майже 150 тисяч осіб, з яких передбачається, що 2/3 були греко-католиками. Депортація населення та духовенства остаточно спричинила розпад Перемишльської греко-католицької єпархії та Апостольської адміністрації Лемківщини. Більшість греко-католицьких священників були переміщені разом із вірними, а 22 відправлені до Центрального табору праці в Явожні. На колишній території залишилися лише шість священнослужителів. Комуністична влада визнала, що переміщення греко-католицького духовенства, ієрархів та вірних призвело до ліквідації Греко-католицької церкви в Польщі. Однак влада не вжила жодних кроків, щоб надати тому якусь, навіть імітовану, юридичну основу, як це зробили радянська влада у 1946 році, румунська в 1948 році і влада Чехословаччини у 1950 році.
Після депортації деякі священники перестали виконувати священницькі обов’язки. Інші перейшли на римо-католицький обряд. Ще інші, як-от о. Орест Серединський у Битові, проводили служби «за зачиненими дверима». Винятком був о. Мирослав Ріпецький, який влаштував каплицю в одній із кімнат, відведених йому під квартиру в закритій школі, і перше богослужіння відслужив 2 липня 1947 року. Слідами о. Ріпецького пішли інші. О. Василь Гриник, будучи адміністратором римо-католицької парафії у Вєрцинах, за згодою курії в Ґданську, від квітня 1948 року почав відправляти богослужіння в Новому Дворі Ґданському кожні два тижні. Згодом він отримав церкву з приходством у сусідньому Циганку, що дозволяло відправляти літургію щонеділі. З 1950 року, після смерті о. Серединського, отримав згоду курії в Ґожові-Великопольському на проведення богослужінь у Битові та Квасові поблизу Славна.
У той час, однак, окремі ієрархи, а також римо-католицькі священники представляли різне ставлення до греко-католицького питання – від небажання до прихильності. Таке різне ставлення було наслідком того, що єпископат ще не мав сформульованої політики щодо греко-католиків. Ймовірно, вони побоювалися, що відновлення діяльності Греко-католицької церкви може стати ще одним джерелом поглиблення конфлікту між Римо-католицькою церквою та владою. Звісно, не без значення було погане ставлення польського населення до українського, яке римо-католицьке духовенство, якщо мало не брати до уваги, то хоч враховувати. Лише під тиском деяких греко-католицьких священників і з огляду на виникаючу можливість переходу греко-католиків на православ’я, примас Стефан Вишинський у 1952 році дозволив о. Гринику відправляти богослужіння в Битові та Новому Дворі. За його наказом у квітні того ж року ординарій Вармінської єпархії офіційно висвятив у Хшанові греко-католицьку каплицю, а її наставником призначив о. М. Ріпецького.
Діяльність греко-католиків призвела до протидії державній владі, яка вирішила остаточно ліквідувати Греко-католицьку церкву в Польщі. Цій меті мали слугувати репресії щодо активного греко-католицького духовенства та захоплення вірян Православною церквою в Польщі. Так звана місіонерська акція Православної церкви серед греко-католиків була доповнена владою репресіями проти їхнього духовенства. У грудні 1952 року арештовано настоятеля Василіанського чину о. Павла Пушкарського, о. д-ра Миколу Денька та о. Пасива Шевагу, а у квітні 1954 року о. Гриника, засудивши їх до кількох років позбавлення волі.
Події 1956 року в СРСР та Польщі принесли можливість зміни становища духовенства та греко-католицьких вірян. Тоді з в’язниць почали звільняти раніше заарештоване греко-католицьке духовенство. 14 листопада 1956 року о. В. Гриник вручив примасові меморіал греко-католицького духовенства в Польщі, в якому від імені вірних писалося не лише про відродження Греко-католицької церкви в Польщі, а й повернення її майна, яке перебрало Державне казначейство на підставі указу від 28 вересня 1949 року. Згодом, 29 листопада, священники Гриник і Ріпецький подали клопотання до примаса Стефана Вишинського, в якому повторювалися попередні вимоги та вимагалося віддати Церкві забране майно, а також виплатити компенсацію за знесені та зруйновані храми.
Проте влада була далека від відновлення Греко-католицької церкви в Польщі. Свою позицію вона мотивувала політичними та економічними причинами. Польща була єдиною соціалістичною країною, в якій ця релігія формально чи фактично не була скасована. Були також побоювання, що відновлення цієї Церкви спричинило б не лише необхідність повернення вилученого майна, а й сплати еквіваленту за знесені та використовувані іншими установами будівлі. У цій ситуації влада погоджувалася лише на проведення греко-католицьких богослужінь у рамках Римо-католицької церкви. Тим не менш, це рішення дозволило деяким греко-католикам задовольнити свої релігійні потреби та збільшити кількість греко-католицьких установ. У 1957 році за згодою державної та церковної влад було створено 17 парафій, а у 1958 році – ще 15.
8 вересня 1967 року примас призначив о. Гриника своїм генеральним вікарієм для вірних греко-католицького обряду. Це рішення було часткове, оскільки греко-католики чекали свого єпископа. Тим не менш, це був свого роду безпосередній начальник, який міг тепер організувати душпастирське служіння, представляти перед примасом та іншими ієрархами, а також виступати перед владою, хоча вона цього призначення не визнавала. Це дало греко-католикам надію на покращення свого становища та мобілізувало їх до подальших дій. Вони відстоювали свої права, особливо в часи політичних криз і проривів. Однак ці дії не увінчалися успіхом. Після смерті о. мітрата Василя Гриника, 14 червня 1977 року примас Вишинський призначив о. Стефана Дзюбину, який продовжив зусилля свого попередника щодо легалізації Греко-католицької церкви в Польщі.
На початку вісімдесятих років ХХ століття, у результаті створення «Солідарності», політика влади щодо Греко-католицької церкви змінилася. Вона поставила питання відкриття нових греко-католицьких парафій у залежність від згоди церковної влади. Тому духовенство та вірні цього обряду спрямовували свої вимоги переважно на них. Однак церковна влада не погодилася прийняти домагання греко-католиків щодо відновлення їхньої Церкви. Новий примас Юзеф Ґлемп вирішив іти маленькими кроками. Він розділив греко-католицькі парафії на два вікаріати – 22 грудня 1981 року призначив о. Йосафата Романка генеральним вікарієм Північного вікаріату, а о. Івана Мартиняка – Південного. Північний вікаріат поділявся на Ольштинський і Кошалінський деканати, а Південний – на Вроцлавсько-Лігницький і Перемишльський. О. Дзюбина зберіг титул вікарія Перемишльської капітули, наданий йому греко-католицьким митрополитом архієпископом Йосифом Сліпим. Тим не менш, позиція Єпископату змінилася, оскільки з моменту обрання папи Івана Павла ІІ загальне ставлення Святого Престолу до прагнень греко-католиків стало значно прихильніше, про що свідчать візити до Польщі у 1984 році греко-католицького архієпископа Мирослава Марусина (водночас секретаря Конгрегації Східних церков). Під час чотирьох візитів він висвячував нових священників та відвідував греко-католицькі парафії. Для вірних і духовенства ці зустрічі мали значне психологічне значення, оскільки були свідченням пам’яті та турботи про них з боку Святого Престолу та греко-католицької ієрархії. Вони також сприяли піднесенню уніатської проблеми на належний державний рівень, знявши печатку мовчання та невігластва навколо цього обряду, який у 1983 році мав 70 парафій, які обслуговували 47 священнослужителів. Значним прикладом зближення двох обрядів стало святкування Тисячоліття Хрещення Русі на Ясній Горі у Ченстохові в 1988 році.
Чіткі зміни в становищі греко-католиків у Польщі відбулися після виборів у червні 1989 року. Вже в липні того ж року папа Іван Павло ІІ призначив єпископом-помічником предстоятеля для греко-католиків у Польщі о. Івана Мартиняка. 16 вересня на Ясній Горі відбулася хіротонія першого греко-католицького єпископа після 1946 року за участю 12 греко-католицьких єпископів, римо-католицького духовенства на чолі з кард. Ґлемпом і близько 6–7 тисячами вірних з усієї Польщі та з-за кордону. Це було офіційне визнання законності Греко-католицької церкви в Польщі. 16 січня 1991 року єпископа І. Мартиняка призначено ординарієм Перемишльської греко-католицької єпархії. Таким чином її діяльність відновилася після депортації ієрархів у 1946 році. Це була своєрідна історична справедливість і знак того, що «добро зло перемогло», тобто провал планів і дій щодо ліквідації Греко-католицької церкви у Польщі, і водночас успіх понад 40-річних зусиль духовенства та вірних греко-католиків за свої права. Розпочався процес розширення греко-католицьких парафій та придбання будівель для греко-католицьких храмів шляхом будівництва чи пристосування споруд. У 1993 році Іван Павло ІІ підпорядкував греко-католицьку Перемишльську єпархію безпосередньо Святому Престолу, а 31 травня 1996 року створив Перемишльсько-Варшавську митрополію греко-католицького обряду у складі Перемишльсько-Варшавської єпархії на чолі з арх. Мартиняком та Вроцлавсько-Ґданської єпархії на чолі з єпископом Теодором Майковичем, кордони якої обмежувала річка Вісла. Після смерті єпископа Майковича його наступником став єпископ Володимир Ющак. Його інґрес відбувся 19 червня 1999 року у Вроцлаві. У 2020 році здійснилися чергова реорганізація єпархіальної структури Греко-католицької церкви у Польщі. Перемишльську митрополію поділено на три єпархії: Вроцлавсько-Кошалінську, очолювану єпископом Володимиром Ющаком, Перемишльсько-Варшавську на чолі з митрополитом о. д-ром Євгеном Поповичем та Ольштинсько-Ґданську, ординарієм якої став о. д-р Аркадій Трохановський. Таким чином Греко-католицька церква в Польщі отримала канонічний статус і стала рівноправною з іншими релігійними спільнотами у Польщі.
проф. Роман Дрозд