Початок Другої світової війни та окупація території Другої Речі Посполитої Третім Рейхом і СРСР змусили змінити структуру помісної Православної церкви, її організацію, адміністрування та управління. Прагнучи зберегти канонічність і свою автокефалію, вона зуміла не тільки вижити, але завдяки авторитету митрополита Діонісія (Валединського), який її очолював, мала реальний вплив на життя православної спільноти.
Восени 1939 року більшість територій Другої Речі Посполитої, населених православними українцями (Волинь, Полісся, Північне Підляшшя), потрапили в межі радянської окупації. Нова влада піддала релігійне життя радикальним обмеженням і репресіям. Частині духовенства вдалося врятуватися від переслідувань і виїхати, інші зазнали жертви (наприклад, у Катині загинув головний капелан Війська польського полковник Симон Федоронько, який походив із Чертежа Сяноцького повіту). Незабаром рішенням влади православні парафії були включені до Російської православної церкви (РПЦ), яка на той час мала характер залишкової інституції. Це рішення, підтримане ієрархією РПЦ, зміцнило позиції цієї Церкви. Новоприєднані парафії за кількістю становили 95% усіх православних парафій, що діяли в СРСР. Їхню долю розділили церкви Північного Підляшшя, єдиної території, окупованої СРСР у 1939 році, яка після війни знову опинилася в межах польської держави. Організаційно-канонічна ситуація там знову змінилася лише влітку 1941 року. Після нападу Третього Рейху на СРСР Північне Підляшшя та Брестська область опинилися під німецькою окупацією в межах Bezik Bialystok (Білостоцький район). Незважаючи на те, що варшавський митрополит Діонісій все ще вважав себе канонічним головою місцевих парафій, були також спроби відірвати їх від його влади.
З-поміж усіх територій, населених українцями з осені 1939 року, у зоні німецької окупації опинились лише Холмщина та Південне Підляшшя, а також Надсяння й Лемківщина. Вони були включені до новоствореної Генеральної Губернії (ГГ), де окупаційна влада хотіла підпорядкувати Православну церкву. Восени 1939 року нацисти ув’язнили митрополита Діонісія під домашній арешт в Отвоцьку, а люблінського єпископа Тимотея (Шреттера) відправили до монастиря в Яблочин. На чолі Православної церкви в Генеральній Губернії з ініціативи окупаційної влади став архієпископ Берлінський і Німецький Серафим (Ладе). У двадцятих роках ХХ століття він служив в Україні (зокрема у Харкові), а після еміграції до Німеччини в 1930 році залишився в юрисдикції Російської православної церкви за кордоном. Особа нового керівника не сприймалася масами і створювала конфлікт. У вересні 1940 року німецька влада змінила тактику та дозволила митрополиту Діонісію залишити домашній арешт. Він перебрав керівництво більшістю парафій Православної церкви у Генерал-губернаторстві (лише деякі з них залишилися під управлінням архієпископа Берлінського Серафима). Це дозволило Церкві зберегти свій автокефальний характер, а її канонічну владу з літа 1941 року знову визнали деякі парафії на територіях, звільнених від радянської окупації та окупованих Третім Рейхом.
На теренах ГГ з 1939 року, незважаючи на обмеження, накладені німецькою окупаційною владою, тривала відбудова структур Православної церкви. У Холмі було створено Тимчасову православну раду Холмщини і Підляшшя на чолі з о. Іваном Левчуком. Одночасно у Варшаві під керівництвом проф. Івана Огієнка, відомого вченого та громадського діяча, а в минулому також міністра в уряді Української Народної Республіки, було утворено Українську церковну раду. У 1940 році парафіяльну структуру, підпорядковану митрополиту Діонісію, було реорганізовано, розділивши на три єпархії: варшавсько-радомську, холмсько-підляську та краківсько-лемківську. Більшість парафій ГГ були українськими, тому релігійне життя набуло характеру українського релігійного життя. У парафіях, де переважали українці, богослужіння велися, як правило, українською або церковнослов’янською мовою з українською вимовою.
Опіку над холмсько-підляською дієцезією було доручено єпископу Іларіону (проф. Іван Огієнко), висвяченому в жовтні 1940 року. З іншого боку, ординарієм краківсько-лемківської єпархії призначено архімандрита Палладія (Петро Видибіда-Руденко), колишнього члена Української Центральної Ради та заступника міністра фінансів УНР, висвяченого на єпископа в лютому 1941 року.
Найменшу варшавсько-радомську єпархію особисто очолив митрополит Діонісій. У 1942 році вона налічувала лише 14 парафій, які обслуговували 30 священників і семеро дияконів. Українська парафія в Берліні була також під юрисдикцією митрополита Діонісія. За його згодою створено українську православну парафію при Кафедральній церкві у Варшаві. Нею керували священники Павло Пащевський, Всеволод Лопухович та Олександр Новицький.
Через спротив німецької влади архієпископ Палладій не зміг переїхати до Кракова і таким чином особисто взяти на себе управління своєю дієцезією. Спочатку в межах його єпархії було 25 парафій, які діяли переважно на Лемківщині. Кордони єпархії змінилися після окупації Галичини німцями в червні 1941 року, змінилася й назва на краківсько-лемківсько-львівську. Утворена єпархія складалася з 38-ми парафій, в ній служили 62 священники.
Відродження церковної структури було найбільш помітним на Холмщині та Південному Підляшші, тобто на теренах, де протягом останніх 20-ти років робилися силові спроби її ліквідації. Перед початком війни тут була лише 51 парафія. З перших місяців окупації розпочався інтенсивний процес відновлення втрачених храмів, у травні 1940 року віддано холмський собор Різдва Пресвятої Богородиці. На початку 1943 року кількість діючих парафій в єпархії зросла до 162, а понад 20 були ще вакантними. На території єпархії видавалися церковні часописи українською мовою, існували два монастирі (Яблочин і Турковичі), а з 1943 року в Холмі діяла духовна семінарія. Разом із розвитком українського національного життя Холмщина стала також місцем жорстокого польсько-українського конфлікту, який забрав кілька тисяч життів. Символом тих часів стала смерть жителів українських сіл Сагринь, Модринь, Бересть та інших. Під час кривавих подій загинуло багато священнослужителів (також від рук німецьких окупантів та радянських партизанів). Масштаб жертв та обставини загибелі Польська автокефальна православна церква увіковічнила в канонізації мучеників Холмщини та Підляшшя 7–8 червня 2003 року.
Події 1944 року кардинально змінили становище Православної церкви під час Другої світової війни на територіях у межах сучасної польської держави. З осені 1943 року до Варшави почали прибувати численні священнослужителі та ієрархи з окупованих радянською армією українських і білоруських земель, які навесні наступного року у Варшаві скликали Собор Української автономної православної церкви (створеної на Соборі в Почаєві 1941 року і яка визнавала канонічну владу Московського патріархату) та собор Української автокефальної православної церкви (утвореної за підтримки митрополита Варшавського Діонісія 1941 року як Автокефальна православна церква на визволених землях України).
У липні 1944 року всі ієрархи Православної церкви в Генеральній Губернії були евакуйовані на захід. Виїхала також частина духовенства й вірних. Вступ військ Червоної армії та захоплення влади комуністами започаткували новий етап в історії Православної церкви у Польщі.
д-р габ. Роман Висоцький, проф. вузу